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- 水环境管理处
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- 土壤环境管理处（固体废物管理处）
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- 辐射安全管理处（噪声环境管理处）
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- 机动车排放管理处
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- 污染源管理处
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- 行政审批处（环境影响评价处）
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- 应急管理处
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- 环境监测处
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- 科技和国际标准处
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- 宣传教育处
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- 规划财务处（审计处）
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- 人事处
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- 机关党委
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- 工会
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- 离退休干部处
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